1819 m. Griškabūdyje veikė parapinė mokykla su 40 mokinių, kuri 1841 m. pertvarkyta į valdišką.
Mokykla 1840 m. sudegė, ją atstačius 1860 m. mokytojavo Čivinskas. Spaudos draudimo laikais vaikus mokė lenkiškai ir rusiškai. Griškabūdyje buvo ir kunigo Varankos mokykla. Joje buvo du skyriai. Mokytojas kartais negailėdavo ir rykštės. Žinių apie mokyklos veiklą neišliko. Tik 19 a. pabaigoje „Ūkininkas“ rašė: „Griškabūdžio mokytoją Gylį iškėlė į Naumiestį, o į jo vietą iš Naumiesčio atkėlė Katilių. Gylys buvo blogas mokytojas, aklai tarnavo carinei valdžiai…“ Tik panaikinus spaudos draudimą atgijo ir mokykla. Tačiau trūko patalpų, mokytojų, vadovėlių, priemonių.
Tik 1923 m. pradėta statyti Griškabūdžio pradžios mokykla. 1930 -1931 m. jos trijuose komplektuose mokėsi 161, o po poros metų – 142 mokiniai. 1944-1945 m. keturi mokytojai jau mokė 109 vaikus. 1947 m. atidaryta progimnazija, kurioje mokėsi 170 mokinių, nuo tų metų pradėta rašyti išsamią mokyklos kroniką. 1948-1949 m.m. progimnazija pertvarkyta į gimnaziją, kiekvienais metais atidarant vis naujas klases. 1952 m. išleista pirmoji abiturientų laida.
Mokinių ir mokytojų mokykloje nuolat daugėjo. 1969-1970 m.m. mokykloje mokėsi 413 mokinių ir dirbo 24 mokytojai. 1975 m. mokykla įsikūrė naujai pastatytuose rūmuose. Atidarytas mokinių bendrabutis, įrengta valgykla, žemės ūkio darbų klasė, mokyklos stadionas, gerai aprūpinami ir tvarkomi mokyklos kabinetai.
1975-1976 m. m. mokykloje mokėsi 540 mokinių ir dirbo 28 mokytojai. Per pastaruosius du dešimtmečius mokinių skaičius mokykloje sumažėjo. 1998-1999 m. m. mokėsi 354 mokiniai ir dirbo 30 mokytojų. 1999-2000 m. m. mokėsi 390 mokinių ir dirbo 34 mokytojai. 2000-2001 m. m. mokėsi 421 mokinys ir dirbo 34 mokytojai.
Nuo 2003-2004 m. m. mokykla turėjo 3 pradinių mokyklų skyrius: Bliuviškių, Degutinės ir Patašinės. 2004-2005 m. mokyklos skyriumi tapo Griškabūdžio vaikų darželis „Pumpurėlis“. 2005-2006 m. m. panaikintas Bliuviškių skyrius. Nuo 2006 m. Barzduose paliktos tik pradinės klasės. 2011-2012 m. m. Griškabūdžio gimnazijoje ir skyriuose mokosi 410 mokinių, dirba 40 mokytojų.
Iš mokyklos išleista 58 abiturientų laidos. Čia mokėsi aktorė Nijolė Lepeškaitė, poetai Albinas Bernotas, Martynas Vainilaitis, Janina Štrimaitienė – Marcinkevičienė, gamtos mokslų daktaras Arūnas Bukantis, estrados daininkė, seimo narė Onutė Valiukevičiūtė, Lietuvos laisvės gynėjas Apolinaras Povilaitis, mokslų daktaras Algis Bagdonavičius, traumatologas Vidmantas Dailidė, kraštotyrininkas Vidmantas Lopeta, krepšininkas Dainius Adomaitis, Rumšiškių muziejaus direktorius Vingaudas Baltrušaitis, vertėjas, mokytojas Arvydas Galginas.
Griškabūdžio vidurinėje mokykloje nuo įsikūrimo dirbo direktoriai: A.Pranaitienė, S.Bulota, S.Bieliauskas, A.Kepalavičiūtė, A.Bagušinskas. Nuo 1987 m. mokyklai vadovauja A.Šalnaitis.